1. 引物/探針設(shè)計(jì)一般原則
RPA擴(kuò)增片段大小：最佳擴(kuò)增片段120-150bp，首次篩選建議設(shè)計(jì)上下游引物各4條，共16種組合。
引物設(shè)計(jì)建議方法：RPA核酸擴(kuò)增技術(shù)對引物設(shè)計(jì)的要求與常規(guī)PCR引物設(shè)計(jì)有一定的區(qū)別。由兩條寡核苷酸組成一對引物，分別特異性識別一個核酸目標(biāo)物的上下游核苷酸序列；引物長度在28-32 nt之間，序列中無回文序列、連續(xù)單堿基重復(fù)序列和內(nèi)部二級結(jié)構(gòu)區(qū)；引物Tm值、GC含量不作為設(shè)計(jì)時主要考慮因素；最佳引物對需通過試驗(yàn)優(yōu)化篩選得到，要求其擴(kuò)增產(chǎn)物為單一條帶，無非特異性擴(kuò)增和明顯的引物二聚體。
探針設(shè)計(jì)建議方法：探針序列長度在43-50nt之間，序列避免回文序列、內(nèi)部二級結(jié)構(gòu)和連續(xù)的重復(fù)堿基；共有四個修飾位點(diǎn)，距離5’端的≥25nt的中部位置標(biāo)記一個dSpacer（四氫呋喃，THF）作為核酸外切酶的識別位點(diǎn)；THF位點(diǎn)的上游標(biāo)記一個熒光基團(tuán)，下游標(biāo)記一個淬滅基團(tuán)，兩個基團(tuán)的間距為2-4 nt，THF 距離3’末端≥14nt；3’末端標(biāo)記一個修飾基團(tuán)，例如胺基、磷酸基團(tuán)、生物素、生物素-TEG 或C3-spacer。
建議用DNAMAN等軟件查看探針和引物的二級結(jié)構(gòu)。
2. 引物探針設(shè)計(jì)示范
待擴(kuò)增的目的片段：（注：雙下劃線標(biāo)示的上下游引物區(qū)域GCACGAGGAAGCGGTCA和ATGGGTCACGACGAGATCCT來自參考文獻(xiàn)）
TGATGGCAGGTTGGGCGTCGCTTGGTCGGTCATTTCGAACCCCAGAGTCCCGCTCAGAAGAACTCGTCAAGAAGGCGATAGAAGGCGATGCGCTGCGAATCGGGAGCGGCGATACCGTAAAGCACGAGGAAGCGGTCAGCCCATTCGCCGCCAAGCTCTTCAGCAATATCACGGGTAGCCAACGCTATGTCCTGATAGCGGTCCGCCACACCCAGCCGGCCACAGTCGATGAATCCAGAAAAGCGGCCATTTTCCACCATGATATTCGGCAAGCAGGCATCGCCATGGGTCACGACGAGATCCTCGCCGTCGGGCATGCGCGCCTTGAGCCTGGCGAACAGTTCGGCTGGCGCGAGCCCCTGATGCTCTTCGTCCAGATCATCCTGATCGACAAGACCGGCTTCCATCCGAGTACGTGCTCGCTCGATGCGATGTTTCGCTTGGTGGTCGAATGGGCAG
2.1 探針：首先確定探針的位置
GCAATATCACGGGTAGCCAACGCTATGTCCTGATAGCGGTCCGCCACAC
探針修飾：GCAATATCACGGGTAGCCAACGCTATGTCC [FAM-dT]G[THF][BHQ-dT] AGCGGTCCGCCACAC-C3 Spacer
說明：在T*T、T**T的T上標(biāo)記FAM和淬滅基團(tuán)，把兩個T之間的一個堿基換成四氫呋喃THF，探針和擴(kuò)增片段配對后，四氫呋喃處形成凸起，作為酶識別位點(diǎn)，在此處將探針切斷，從而發(fā)出熒光。
探針有3個修飾位點(diǎn)：dSpacerInt 6-FAM-dT，Int BHQ1 dT，3' C3 Spacer
2.2上游引物：
Primer-F-1：GTCAAGAAGGCGATAGAAGGCGATGCGCTG
Primer-F-2：CGATGCGCTGCGAATCGGGAGCGGCGATAC
Primer-F-3：CGATACCGTAAAGCACGAGGAAGCGGTCAG
2.3下游引物：
區(qū)域1：CATTTTCCACCATGATATTCGGCAAGCAGG
反向互補(bǔ)：Primer-R-1：CCTGCTTGCCGAATATCATGGTGGAAAATG
區(qū)域2：GGCATCGCCATGGGTCACGACGAGATCCTC
反向互補(bǔ)：Primer-R-2：GAGGATCTCGTCGTGACCCATGGCGATGCC
區(qū)域3：CACGACGAGATCCTCGCCGTCGGGCATGCG
反向互補(bǔ)：Primer-R-3：CGCATGCCCGACGGCGAGGATCTCGTCGTG
上下游引物Primer-F-1、Primer-F-2、Primer-F-3和Primer-R-1、Primer-R-2、Primer-R-3共有9種組合，可從中篩選出較優(yōu)引物對。
示例：
一條探針搭配不同引物的擴(kuò)增效率對比（上下游引物各6條，36種組合）：
相關(guān)產(chǎn)品：
RPA試劑盒及試紙條系列：
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貨號 |
產(chǎn)品 |
規(guī)格 |
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TABAS03KIT |
TwistAmp Basic Kit DNA擴(kuò)增試劑盒 |
96T |
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TAEXO02KIT |
TwistAmp exo 試劑盒 |
96T |
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B8201C1 |
DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒（DNA基礎(chǔ)型） |
48T |
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B8202C3 |
DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒（DNA熒光型） |
48T |
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B8203C5 |
DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒（DNA試紙條型） |
48T |
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B8204C7 |
RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒（RNA基礎(chǔ)型） |
48T |
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B8205C9 |
RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒（RNA熒光型） |
48T |
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B8206C0 |
RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒（RNA試紙條型） |
48T |
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JY0209 |
雙靶標(biāo)HybriDetect側(cè)向?qū)游鲈嚰垪l（彩虹型） |
50T |
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JY0201 |
單靶標(biāo)HybriDetect側(cè)向?qū)游鲈嚰垪l（彩虹型） |
50T |
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JY0307 |
CRISPR單酶切及擴(kuò)增產(chǎn)物檢測試紙條 |
50T |
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JY0301 |
CRISPR Cas12/13 HybriDetect試紙條 |
50T |
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JY0308 |
CRISPR雙酶切檢測試紙條（變色龍） |
50T |
Cas酶系列：
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貨號 |
包裝規(guī)格 |
中文名稱 |
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32108-01 |
100 pmoL |
LbCas12a (Cpf1) |
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32108-03 |
1,000 pmoL |
LbCas12a (Cpf1) |
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32117-01 |
100 pmoL |
LwaCas13a (C2c2) |
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32117-03 |
1,000 pmoL |
LwaCas13a (C2c2) |
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32118-01 |
100 pmoL |
AapCas12b (C2c1) |
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32118-03 |
1,000 pmoL |
AapCas12b (C2c1) |
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32119-01 |
100 pmoL |
Un1Cas12f1 (Cas14a1) |
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32119-03 |
1,000 pmoL |
Un1Cas12f1 (Cas14a1) |
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32104-01 |
100 pmoL |
AsCas12a (Cpf1) |
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32104-03 |
1,000 pmoL |
AsCas12a (Cpf1) |
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32116-01 |
100 pmoL |
AacCas12b (C2c1) |
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32116-03 |
1,000 pmoL |
AacCas12b (C2c1) |
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32106-01 |
100 pmoL |
FnCas12a (Cpf1) |
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32106-03 |
1,000 pmoL |
FnCas12a (Cpf1) |
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32110-01 |
100 pmoL |
Lb5Cas12a (Cpf1) |
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32110-03 |
1,000 pmoL |
Lb5Cas12a (Cpf1) |
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32101-01 |
100 pmoL |
SpCas9 |
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32101-03 |
1,000 pmoL |
SpCas9 |
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32102-01 |
100 pmoL |
Sp-dCas9 |
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32102-03 |
1,000 pmoL |
Sp-dCas9 |
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32120-01 |
100 pmoL |
Sp-nCas9（H840A） |
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32120-03 |
1,000 pmoL |
Sp-nCas9（H840A） |
RPA 恒溫擴(kuò)增試劑盒 凍干微球?qū)崍D：
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